Missões secundárias são missões não relacionadas ao enredo principal. Essas missões não têm influência especial no desenvolvimento do jogador, mas sim na reputação com o candidato ou alvos. Algumas missões secundárias não possuem pré-requisitos; missões que possuem pré-requisitos geralmente devem ter completado outra missão (principal ou secundária), atingir um certo nível de relacionamento com um NPC ou ter um item especial à disposição.
Normalmente, as missões secundárias têm um limite de tempo que varia de menos de 24 horas a 28 dias. Se o jogador não aceitar uma missão secundária dentro de sua disponibilidade, a missão não poderá mais ser aceita, mesmo posteriormente.
As missões secundárias são exibidas no mapa com os ícones azuis 
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